La régie Départementale des Transports du Jura a les structures suivantes :

- Un siège social basé à Lons le Saunier comprant:
   - Direction et service généraux
   - Le bureau des Méthodes
   - Le centre exploitation de Lons
   - un atelier intégré

- Trois centres d'exploitations extérieurs
   - Saint Claude
   - Morez
   - Champagnole/Nozeroy

En tant que professionnel du Transport et émanation directe du Conseil Général, Jurabus assure pour le compte de ces clients :

- Des services de lignes régulières, des circuits scolaires, des services occasionnels, des transports en réseaux Urbains.

- Jura Bus a aussi dans son activité la location de véhicules sans chauffeur

Le Personnel
112 agents composent la régie :

- 3 cadres
- 10 agents de maitrise
- 99 employés